Das Bernsteinzimmer befand sich bis Oktober 1941 im Katharinenpalast in Zarskoje Selo (heute Puschkin). Danach wurde es von Besatzungstruppen der Wehrmacht abgebaut und nach Königsberg ins dortige Schloss verbracht. Dort verliert sich seine Spur. Das Königsberger Schloss wurde 1945 stark beschädigt. Die Ruine wurde aber erst 1968 abgerissen. Auf dem Gelände des ehemaligen Schlosses wurde das Haus der Sowjets errichtet. Das 16-stöckige Hochhaus konnte jedoch aus statischen Gründen nicht fertiggestellt werden und blieb bis heute eine Bauruine. Im Jahr 2005 wurde anlässlich eines Besuchs von Putin, die Fassade neu gestrichen und Fenster eingebaut. Mittlerweile gilt das Haus als Wahrzeichen für die nach dem 2. Weltkrieg neu aufgebaute Stadt. In den 90er-Jahren ist in Norddeutschland ein einzelnes Ausstattungsstück des Bernsteinzimmers, ein Steinmosaik, aufgetaucht. Das Mosaik sollte auf dem grauen Kunstmarkt für 2,5 Millionen US-Dollar verkauft werden, wurde jedoch vorher von der Bremer Polizei konfisziert. Kurz danach meldete sich in Berlin aufgrund eines Presseberichtes die Besitzerin einer Kommode, die ebenfalls aus dem Bernsteinzimmer stammen soll. Beide Objekte wurden an Russland zurückgegeben. Wahrscheinlich handelt es sich dabei um die einzigen noch erhalten gebliebenen Originalteile des Bernsteinzimmers. Alle bisherigen Versuche, den Verbleib des Bernsteinzimmers aufzuklären, blieben erfolglos.
Es gibt aber verschiedene Theorien, wohin das Schloss verbracht worden sein könnte, z. B. nach Schloss Friedland in Böhmen, oder in die Bunkeranlage von Mamerki (Mauerberg), oder aber in einer Tunnelanlage bei Walbrzych (Waldenburg) in Niederschlesien. Keine dieser Theorien konnte bislang bewiesen werden. Das Bernsteinzimmer bleibt verschollen.ehemaliger BND-Mitarbeiter.
Anmerkung des Autors: Am wahrscheinlichsten ist die Theorie, dass das Bernsteinzimmer in den Kellergewölben im Schloss von Königsberg eingelagert wurde. Seit 2001 werden am ehemaligen Standort des Schlosses Grabungen in der Hoffnung vorgenommen, dort auf verschüttete Kunstschätze des früheren Schlossmuseums und möglicherweise auch auf das Bernsteinzimmer zu stoßen. Gefunden wurden zwar zahlreiche Gegenstände, z.B. im Juni 2005 eine Silberschatulle mit Medaillen und Amuletten. Doch keinerlei Hinweise auf das Bernsteinzimmer. Die letzten Ausgrabungen fanden 2018 statt. Gefunden wurde nichts. Es existieren jedoch Grundrisspläne, die belegen, dass der riesige Schlosskomplex in Königsberg über zahlreiche tiefer gelegene Kellerräume verfügte, die teilweise erhalten geblieben sind und bis heute noch nicht freigelegt wurden. Die Suche nach dem Bernsteinzimmer kann also weitergehen.