Einer der größten der auf Kokos vergrabenen Schätze aber ist der unermessliche Kirchenschatz von Lima, der 1821 von William Thompson, Kapitän der Dear Mary, dem Schiff, auf dem der Schatz verladen worden war, hierher gebracht wurde, um ihn vor den Aufständischen unter dem Oberbefehl von San Martin zu retten. Zum Schatz gehörte eine überlebensgroße Madonna aus reinem Gold mit einem Gewicht von 390 Kilogramm. Die Figur war mit 1.684 Edelsteinen besetzt, darunter vier Smaragde von der Größe eines Hühnereies. Dazu kamen noch zahllose Kisten mit Kunstwerken aus Gold und Silber mit Juwelen besetzten Schwerter, sowie Juwelen und Schmuck. Eine Kiste enthielt kleinere Zedernholzkistchen mit 3.840 geschliffenen sowie 4.265 ungeschliffenen Edelsteinen. Der Schatz wurde mehrmals gefunden, ging aber immer wieder verloren. Er konnte bis heute nicht vollständig geborgen werden. Auch Thompson selbst konnte den von ihm auf Kokos versteckten Schatz nicht mehr bergen. Es gilt als sicher, dass er nie auf die Insel zurückgekehrt ist, und es gibt keinen Hinweis darauf, dass er je ein reicher Mann gewesen ist.

Keating war im Jahre 1846 zusammen mit einem gewissen Boag auf der Insel. Er behauptete später er habe den Schatz ohne Schwierigkeiten gefunden. Er sei in einer großen Höhle gewesen, wo er mehrere Kisten voller Goldmünzen und -barren, Silber und Edelsteine, verstaubte, juwelenbesetzte Schwerter und die massive goldene Statue der Jungfrau sah. Er konnte den Schatz aber aufgrund der Größe nicht vollständig bergen. Einen Teil des Goldes nahm er mit, den größeren Teil des Schatzes versteckte er in einer anderen Höhle auf der Insel. Einige Wochen später tauchte Keating allein in Puntarenas auf. Bei einer späteren Vernehmung soll er erklärt haben, Boag sei auf See erkrankt und gestorben; seine Leiche hatte er über Bord werfen müssen. John Keating kehrte danach nach Neufundland zurück. Dort fällt auf, dass er alte spanische Goldmünzen verkauft, deren Herkunft ungeklärt bleibt. Im Dezember 1880, Keating ist bereits ein alter Mann, erscheint im HERALD in Sydney, Neuschottland folgende Erklärung von ihm: »Hiermit wird bestätigt, dass ich alle Papiere und Informationen, die ich besessen habe und die erforderlich sind, um den Schatz von Cocos Island zu finden, Thomas Hackett übergeben habe und dass weder Richard Young noch irgendjemand sonst Informationen besitzt, die ihn in die Lage versetzen könnten, besagten Schatz aufzufinden. John Keating.« Richard Young war ein Schwiegersohn Keatings, der ohne Erfolg versucht hatte dessen Schatzinformationen zu erhalten. Auch Captain Thomas Hackett kann den Schatz nicht bergen. Auf dem Weg zur Kokos Insel starb er. Keatings Papiere gelangten dadurch in die Hände seines Bruders Fred M. Hackett, der auch Kapitän war und in Vancouver lebte. Im Jahr 1882 starb Keating. Seiner um 20 Jahre jüngeren Frau hatte er Abschriften der Karten von Cocos Island vermacht. Keatings Karte war ohne weitergehende Informationen aber wertlos. Die Witwe Keatings heiratet kurz darauf einen alten Freund ihres Mannes, den Fischkonservenhersteller James W. Brennan, der jedoch auch bald starb. Viele Jahre später, Anfang 1897 ging der Schoner Aurora in der Wafer-Bucht vor Anker. An Bord befand sich eine Expedition aus Vancouver in Kanada, die von Captain Fred M. Hackett und Mrs. Brennan, der Witwe John Keatings, geführt wurde. Erst nachdem die mittlerweile 65-jährige Mrs. Brennan, den Wert der Papiere, die Keating ihr hinterließ, erkannt hatte, zog sie in Betracht den Schatz zu suchen und zu bergen. Sie nahm Kontakt zu Captain Hackett, den sie für den einzigen Mitwisser ihres Geheimnisses hielt, auf und begann mit ihm Expeditionspläne zu schmieden. Als die Expedition die Kokosinsel erreicht mussten sie zu ihrer Überraschung feststellen, das bereits andere Schatzsucher da waren. Zu diesem Zeitpunkt befanden sich der amerikanische Kapitän George Haffner und ein Deutscher namens August Gissler auf der Insel, um den Schatz zu suchen.  Derr Deutsche August Gissler war der bekannteste unter den Schatzsuchern. Er lebte von 1889 bis 1908 mit kurzen Unterbrechungen auf der Insel und war fest davon überzeugt den Schatz von Lima finden zu können. Wie er kurz vor seinem Tod einem Journalisten erzählte, habe er den Schatz nach jahrelanger Suche in einer Höhle entdeckt; der Eingang zur Höhle war jedoch durch riesige Erd- und Felshaufen versperrt, sodass er den Schatz nicht bergen konnte. Es gelang ihm jedoch durch einen winzigen Spalt einen Blick auf Kisten voller Gold und Juwelen zu werfen. Gissler kehrte aufs Festland zurück, um Sponsoren für die Bergung des Schatzes zu finden. Dann schlug das Schicksal zu. Seine geliebte Frau Mary, mit der er viele Jahre auf der Kokosinsel gelebt hatte, starb durch einen Unfall. Danach ist Gissler nie mehr auf die Insel zurückgekehrt. Er starb im Jahr 1935 ohne das Schatzversteck jemandem verraten zu haben.

George Haffner war angeblich im Besitz einer offiziellen Erlaubnis für die Suche nach den Schätzen. Nach anfänglichem Zögern begann auch Hackett mit der Suche, blieb aber wie alle anderen erfolglos. Nachdem es zu Streitigkeiten und gegenseitigen Verdächtigungen zwischen den verschiedenen Gruppen gekommen war, vereinbarte Hackett mit Gissler ihm seine Unterlagen zu überlassen, damit er gelegentlich den Schatz suchen könne. Hackett wollte die Insel auf der Aurora verlassen, während der nächsten Jahre aber zurückkommen, um sich von den Fortschritten zu überzeugen. Auch der Amerikaner Haffner solle mit ihm auf der Aurora nach Kanada zurückkehren. Haffner kommt in den Jahren danach mit Admiral Henry St. Leger Bury Palliser auf der HMS Imperieuse, dem Flaggschiff der britischen Pazifik-Schwadron erneut auf die Insel, um den Schatz diesmal mit Unterstützung von 300 Royal Marines zu suchen. Erfolglos. Ein Schicksal, das er mit andren Schatzsuchern teilte. Auch ein späterer Freund von Keating, Nicholas Fitzgerald hat angeblich von Keating Instruktionen erhalten, wie man den Schatz finden könnte. Fitzgerald hatte Keating geholfen, als dieser in Not war. Aus Dankbarkeit wurde er von Keating in das Schatzversteck eingeweiht. Die Instruktionen lauten folgendermaßen: Bei zwei Kabellängen südlich der letzten Wasserstelle bei drei Punkten. Die Höhle ist die unter dem zweiten Punkt. Zwei Kabellängen entsprechen 405 Yards. Die letzte Wasserstelle befindet sich in der Bay of Hope (früher Bahia Iglesias) im Südosten der Insel. Keatings Notizen besagen außerdem: Man muss der Küstenlinie der Bucht im Nordosten der Insel so lange verfolgen, bis man zu einem Bach kommt. Von der Hochwassermarke dieses Baches aus muss man dem Lauf des Flusses landeinwärts 70 Schritte in südwestlicher Richtung folgen. An diesem Punkt, und nur an diesem Punkt, ist eine Lücke in den Hügeln zu sehen, und wenn man sich nach Norden wendet und den Fluss überquert, sieht man einen hohen Felsen, glatt wie eine Wand. In der Seite dieser Klippe, in Höhe der Schulter eines Mannes vom Boden aus, wird eine kleine Spalte zu sehen sein, in die man eine Eisenstange einführen muss. Dann wird die Öffnung freigegeben, die Öffnung, die zu einer Höhle führt, in der Gold und Silbermünzen, Heiligenbilder und Kruzifixe zu finden sind. Des Weiteren: Die Höhle hat ein Ausmaß von 12 mal 15 Fuß (4,57 m) im Quadrat mit genügender Höhe. Der Eingang ist von einem Stein verschlossen, der herumgeschwenkt werden muss und dadurch eine Öffnung freigibt, durch die ein Mann in die Höhle kriechen kann. Wird der Stein wieder auf seinen Platz zurückgedreht, kann das menschliche Auge das Tor nicht entdecken. Es fügt sich wie ein Blatt in die Wand ein. Keating sagte ferner, dass, als er das erste Mal auf die Insel kam, er keine Schwierigkeiten gehabt hätte, die Höhle zu finden, doch beim zweiten Mal hätte es inzwischen einen Erdrutsch gegeben, durch den die Umgebung sich verändert hatte, doch habe er die Höhle auch dieses Mal gefunden.

Anmerkung des Autors: Mehr als 500 Schatzexpeditionen zur Insel wurden mittlerweile gezählt. Zahlreiche Schatzsucher haben dort ihr Glück versucht. Teile des Kirchenschatzes von Lima und vielleicht noch andere Schätze liegen vermutlich noch immer auf der Kokos Insel. Es gibt eine Theorie, dass ein gewisser Engländer namens Levick den Kirchenschatz von Lima Mitte des 19. Jahrhunderts von der Kokos Insel holte und ein paar hundert Seemeilen südwestlich von der Kokos Insel auf den Galapagos versteckte. Aber das ist nur eine Theorie. An folgenden Geschichten könnte jedoch etwas Wahres dran sein. Z. B. an der des belgischen Marineingenieurs Petrus Bergmans. Dieser hat nach eigenen Angaben sehr wahrscheinlich den Limaschatz oder zumindest Teile davon gefunden. Er blieb aber letztlich glücklos, da er die Reichtümer nicht bergen konnte.

Auch die Geschichte von Jacques Boucaud ist glaubwürdig. Der junge Franzose landete im September 1966 mit drei Freunden heimlich auf der Insel. Sie hatten von dem Schatz gelesen, Recherchen angestellt und waren fest entschlossen, den Schatz auf der Kokos Insel zu entdecken. Die vier waren gut vorbereitet. Sie hatten sich die neueste Karte von der Insel besorgt. In die Karte trugen sie alle noch so kleine Information zum Schatz ein. Die Schätze teilten sie in drei Gruppen - die Schätze des Piraten Benito, diejenigen anderer Piraten und zuletzt den berühmtesten von allen, den Kirchenschatz von Lima. Sie blieben drei Monate auf der Insel und suchten akribisch Quadratmeter für Quadratmeter ab. Nach längerer Suche fanden sie in einer Höhle zwei menschliche Skelette, die augenscheinlich eines gewaltsamen Todes gestorben waren. In einem vermoderten Koffer waren rund 1000 spanische Münzen und 15 längliche, je etwa ein halbes Pfund schwere Goldbarren versteckt. In einem weiteren Koffer wurden nochmals 1000 spanische Münzen und 15 längliche Goldbarren gefunden. Den Limaschatz fanden sie jedoch nicht. Sie hatten mittlerweile aber erst ca. 1/3 der Insel abgesucht. Mit dem Beginn der Regenzeit wurde jedoch jede weitere Suche äußerst schwierig. Die Freunde beschlossen daher die Insel zu verlassen und zu einem anderen Zeitpunkt noch mal wiederzukommen.

 Vielleicht sollte man nicht an der bereits tausendfach durchstöberten Nordküste nach Schätzen suchen, sondern dort, wo noch niemand gesucht hat. Zum Beispiel in der kleinen nur bei Ebbe sichtbaren Bucht, gegenüber der Heuhaufeninsel.