Eine weitere teilweise noch unerforschte Ruinenstadt der Inkas ist Choquequirao (Qechua: Wiege des Goldes), auf einem Berg an den Ausläufern der Salcantay-Gebirgskette im Süden Perus gelegen. Choquequirao war ein wichtiges kulturelles und religiöses Zentrum der Region. Die Stadt gilt als Rückzugsort der Inkas nach dem Tod des Rebellenführers Manco Cápac II. der im Jahr 1533 von Franzisco Pizarro als oberster Inka eingesetzt worden war. Manco Cápac II unterstützte die Spanier anfänglich in ihrem Kampf gegen Quisquis, einen der drei Generäle des Inkaherrschers Atahualpa. Im Jahr 1536 begehrte Manco aufgrund von wiederholten Demütigungen durch die Spanier gegen diese auf und belagerte erfolglos Cuzco. Er zog sich dann mit seinem Heer nach Vilcabamba zurück, um von dort aus die Spanier weiter zu bekämpfen. Er starb im Jahr 1544 durch gewaltsamen Tod. Einer Legende nach soll in Choquequirao sein Kronschatz versteckt sein. Ausgrabungen 1986 beweisen jedoch, dass die Stadt geplündert worden war. Schätze wurden bisher jedenfalls nicht gefunden. Doch es ist nicht anzunehmen, das die Inkas den Kronschatz des Inkaherrschers in der Stadt selbst versteckt haben, sondern viel eher in der näheren Umgebung. Sie mussten ja damit rechnen, dass die Stadt ebenfalls von den Spaniern eingenommen wird. Da Choquequirao erst teilweise ausgegraben wurde und der gesamte Komplex ca. 1.400 ha umfasst, besteht die Möglichkeit, dass der Schatz dort noch irgendwo versteckt liegt. Die Inkas waren ja für ihre raffinierten Verstecke bekannt.
Anmerkung des Autors: Ein gewichtiges Indiz für einen gewissen Wahrheitsgehalt der Schatzlegende ist ein Gespräch zwischen Manco Cápac und Rui Díaz - einem Anhänger von Diego de Almagro -, der den Inkakönig in dessen Auftrag besucht hatte. Das Gespräch wurde von dem spanischen Chronisten Pedro Pizarro (* 1515 † 1602 ?) einem Augenzeugen der Eroberung des Inkareiches, in seinem Werk "Relación del Descubrimiento y Conquista de los Reinos del Perú, (1571)" überliefert. In diesem Gespräch ist die Rede von Mancos Kronschatz, den er den Spaniern geben wolle, wenn diese sich aus seinem Land zurückzögen. Manco beschreibt die Größe des Schatzes wie folgt: Er ließ einen Scheffel Mais auf den Boden schütten, den er sich hatte bringen lassen, und aus diesem Haufen nahm er ein Korn und sagte: "So viel wie dieses Korn habt ihr Christen bisher an Gold und Silber gefunden. Im Vergleich dazu ist das, was ihr nicht gefunden habt, so viel wie dieser Scheffel Mais".